Czarnoksiężnicy Shang Tsunga i Quan Chi łączą swoje siły, by raz na zawsze pokonać boga piorunów Raidena. W tym celu organizują kolejny turniej Mortal Kombat. Wezmą w nim udział tacy wojownicy jak Scorpion, Sub-Zero, Sonya Blade czy Reptile. Każdy z zawodników posiada swój własny zestaw ciosów. Dzięki systemowi Multiple-Move-Set Fighting gracz może m. in. sam zdecydować, czy w danej chwili uderzyć lewą ręką czy prawą nogą. Twórcy wprowadzili też odmienne style walki dla każdej z postaci oraz kilka nowych trybów rozgrywki (m. in. Kryptę w której za zdobyte wcześniej pieniądze możemy odblokować rozmaite bonusy). Walki prezentują się jeszcze bardziej brutalnie niż w poprzednich częściach. Zadane rany potrafią krwawić, stroje niszczyć się, a sami wojownicy pocić i brudzić się.